O aumento nos casos de Covid-19 tem se tornado motivo de preocupação pelas autoridades de saúde. Só na última semana, conforme boletim epidemiológico divulgado pela Secretaria do Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul (SES-MS), Três Lagoas registrou 11 novos casos da doença, um aumento de 450%, em relação a semana anterior. Só em 2024, foram totalizados 35 novos casos nas primeiras semanas do ano, sem nenhuma morte em decorrência pela doença.

A nível estadual, a última semana foi a que mais registrou casos de Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG) no ano. Foram 555 novos casos, um aumento de 25% em comparação à última semana do mês de janeiro. O Estado já registrou 18 mortes por Covid-19 neste ano, sendo a maioria em Campo Grande, com 13 óbitos. Uma morte foi registrada em Paranaíba, sendo este o único caso registrado na região da Costa Leste.
Atualmente, Três Lagoas tem uma das maiores taxas de incidência de novos casos da macrorregião Leste, com 26,9 mil a cada 100 mil habitantes, atrás de Água Clara (35,5), Inocência (27,6) e Aparecida do Taboado (27,2). O município também tem a terceira maior letalidade, com 1,7%, a partir do número total de mortes de acordo com a população, atrás de Paranaíba (2,1%) e Selvíria (2%).

A vacinação, apesar de ter eficácia comprovada na redução de hospitalidades e óbitos, ainda enfrenta resistências, o que contribui para o surgimento de novas variantes. Em Três Lagoas, o público infanto-juvenil é o que menos se encontra imunizado. Apenas 40,6% das crianças entre 6 meses e 11 anos estão com o esquema vacinal completo. 

A vacina, que já faz parte do Programa Nacional de Imunizações (PNI), tem eficácia de 95% comprovada em crianças e adolescentes, de acordo com levantamento da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz).