José Mourinho, técnico campeão da Liga dos Campeões em 2004 com Carlos Alberto, pelo Porto, não entende por que o meia não se tornou um jogador de nível internacional. Se ficasse de olho no noticiário esportivo do Brasil, com certeza entenderia. Depois de surgir como promessa no Fluminense, o jovem de 19 anos foi negociado com o clube português, em 2003. Quando voltou ao Brasil, dois anos depois, a carreira desandou, e os problemas começaram. Mesmo assim está próximo de acertar com o Palmeiras.
Foi repatriado pelo Corinthians para fazer parte do milionário time montado em parceria com a empresa MSI, que trouxe Tevez, Mascherano, Roger e Carlos Alberto, entre outros. No primeiro ano, em 2005, conquistou o título do Brasileiro sob o comando de Antonio Lopes. No ano seguinte, porém, a paz acabou. Primeiro o meia se desentendeu com o preparador físico, Ricardo Rosa. Depois, trocou socos com o argentino Tevez.
Meses depois se desentendeu com o técnico Emerson Leão em um jogo contra o Lanús, válido pela Copa Sul-Americana. Ele foi substituído no primeiro tempo, discutiu com o treinador e acabou afastado do grupo dias depois.
Em 2007, Carlos Alberto retornou para o Fluminense. Com moral dentro do grupo, foi capitão da equipe em diversas oportunidades, mas alguns colegas o acusaram de cobrar demais os jogadores mais jovens. Mesmo assim, levou o time ao título da Copa do Brasil daquele ano.
Voltou para a Europa no ano seguinte, desta vez para defender o Werder Bremen, da Alemanha. Não se deu bem no país e foi emprestado ao São Paulo na mesma temporada. Marcou apenas um gol pelo clube do Morumbi e foi mandado embora após três meses depois de uma briga com o volante Fabio Santos na concentração.